小镇爆发未知花粉过敏症，拇指联盟求助画家找出治愈小镇的五星橙色宝石。拇指联盟在渔城明珠塔发现神秘黑衣人和属下坏博士试图研发超级武器，并通过明珠塔发射，制造更大的破坏伺机夺取宝石。拇指联盟与神秘人交战，并在五星橙色宝石守护神的坐骑巨象的帮助下挫败了黑衣人和坏博士的邪恶计划。

柳江决战之后，拇指联盟从黑衣人身上掉落的纸片中得到了新的线索，拇指联盟决定前往太阳岛的大雪山一探究竟，在雪山的神庙中遇到了女侦探安安，在安安的帮助下前往奈县鹿园寻找传说中的三角鹿。与此同时，黑衣人洞察先机，抢先拇指联盟找到三角鹿并得到了宝石，使用宝石的力量欺骗了拇指联盟，拇指联盟为了守护正义与和平继续前行，而安安则留在太阳岛继续守护着这里的村民。

拇指联盟和小镇居民们为镇长庆祝生日之时，镇长袒露心病，自己的儿子乐乐失踪于沙漠的风暴之眼，委托拇指联盟寻找。三人踏上了寻找乐乐的旅途，并在葵贝贝和仙贝贝的带领下，找到了乐乐。为了走出沙漠的迷宫，拇指联盟勇闯地宫寻找宝石，与此同时，神秘人伺机而动，众人齐心协力赶走了神秘人，守护住了宝石，决定将宝石带回小镇并且探寻让宝石恢复力量的方法，镇长的儿子乐乐选择继续留在沙漠规划绿洲，让沙漠焕发生机。

剧情描述高仅五寸的小男孩汤姆被一对善心的伐木者夫妇收养，他的出现为村里的每个人带来欢乐。然而一对邪恶的坏蛋伊凡和汤尼却打算将小汤姆偷走，使他遭遇到可怕的命运，幸好坏人的计谋终于破败，汤姆重出生天。