某大学地质系的萱儿在新生见面会上爱上了白马王子苏可，想向他表白，却没有勇气。她想到一个可以接近苏可的办法：每天早晨打电话叫他起床上课。四年来从不间断。苏可被这个电话女孩的执着深深感动，想在毕业前知道她的姓名。萱儿的室友萌萌和苏可的死党许晨交往许久，这使得萱儿常有机会接近苏可，她小心翼翼地守护着自己的秘密不被苏可发现。萌萌帮萱儿洗衣服时发现了萱儿的日记，知道了萱儿暗恋苏可的心事。萱儿正巧回来看到，她伤心地跑到雨中痛哭。萌萌深感抱歉，答应替她永远保守这个秘密。

恐龙大闹圣地亚哥事件四年后，一名小男孩玩滑翔翼不幸失踪在索纳岛上。他的父母请求恐龙专家格兰特博士前往搭救。格兰特博士无论如何也不愿再返回那个鬼地方。虽然发下重誓，但现状不得不让他收回誓言。他的一项史前动物研究陷入资金紧张的窘境。而这时，富有的商人保罗·科比及其夫人阿曼达找到格兰特，邀请他作为向导带他们乘飞机前往索纳岛观光。一方面酬劳颇丰，一方面又得知不用着陆小岛，好了伤疤忘了疼的格兰特接受了他们的邀请。然而事情却朝相反的方向发展，他们的飞机最终迫降小岛。至此他才得知，原来科比夫妇来此的目的竟是为了寻找失踪

当史酷比一伙驾船进入世界上最神秘的海域——神奇的百慕大魔鬼三角时，恐怖事件接二连三地发生了！从被外星人监视到遇见试图用大炮击沉他们的幽灵海盗，离奇事件不断涌现，令所有人胆战心惊。正当情况变得越来越糟之时，幽灵海盗绑架了弗雷德的父母，并将他的母亲变成了一个海盗！倘若史酷比和薛奇无法破解这个海上之谜，那么他们毫无疑问将成为百慕大的下一批受害者。

一位神秘人物的出现让小镇上的居民终日生活在恐惧之中，他利用一架邪恶的机器制造出了许多可怕的怪物，将它们放到镇上为非作歹。这时，就轮到“秘密公司”的诸位出马了，可摩拳擦掌跃跃欲试的沙吉（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）和搭档史酷比（Neil Fanning 配音）却被告知留守公司，不必参加行动。 　　不甘心的沙吉决定和史酷比私下里调查事件的真相，以挽回他们一败涂地的名声，没想到却闹出了一大堆的麻烦。随着调查的深入，博物馆馆长帕特里克（赛斯·格林 Seth Green 饰）带着他的阴谋渐

佛瑞德的笔友邀请他一起到墨西哥参加当地的鬼节追思大会，叔比狗、黛芬、威玛、薛吉当然也兴高采烈的跟去玩个痛快。 没想到，城里却出现了一只高大的绿眼怪物！所有观光客都被吓跑了，而叔比狗和伙伴们也必须卖掉旅馆来应付最近的萧条，都是那个大怪物害的！不过怪物有留下线索，到底这些代表著什么惊人秘密呢？