G.I.JOE是美国特训特种敢死队的代号，该队组建的目的是维护人类的自由与安全。他们的对手——眼镜蛇部队，是一个妄图统治世界的残忍的KB组织——特种部队，真正的美国英雄。

DICE星球资源匮乏，浑浑噩噩的首领D王派将军的小儿子艾瑞去地球收集情报，准备随时攻打地球。艾瑞降落到地球上的某个未知的小村庄，天地一线，平静如画，艾瑞遇见了农民康芒和机器驴宝迪。一次误会，宝迪把艾瑞的飞船踢坏，康芒把飞船改装成驴车，三人准备回村把飞船修好....

在新生ALO中，桐人、亚丝娜和结衣谈到了鲸鱼，从没有见过鲸鱼的结衣对鲸鱼非常感兴趣，为了帮助结衣桐人想到了新生ALO中海边的任务。不料直叶却不会游泳，为了能正常进行海边的任务大家决定对直叶进行游泳特训。与此同时，桐人被菊冈诚二郎以“心理咨询”的名义骗至心理咨询室，并从桐人处详细调查了“SAO”和“ALO”等事件。桐人离开菊冈诚二郎处后登入新生ALO与大家一起进行了“深海掠夺者”的任务，最终返回时结衣如愿以偿地见到了鲸鱼。后桐人再次接到了菊冈诚二郎的电话。（打算委托桐人调查“GGO”，此时剧情进入“幽灵子弹