老马因痛失儿子，对盗猎贼心怀仇恨，一度陷入了复仇的阴暗情绪之中，却逐渐被小谷的热诚和善良打动，最终重拾了希望。而盗猎贼则与老马截然相反，为一己私欲夺取无辜的生命，并为了复仇而一意孤行，最终以悲惨的结局收场。

上班族樋口麻衣一直为了与刚开始交往的男友山下亮介不能敞开心扉交流而烦恼，而这时她因遭遇了意外事故脸上受了伤，开始就感到对人生的绝望。事故发生时一直暗恋她的矢野卓也帮助了他，并关心她的康复，麻衣觉得卓也是因为同情自己，无法接受他的感情。麻衣的同事亚纪和妹妹葵帮她想出了与卓也互相剖白心迹的小计划。

故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗，他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日，他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服，于是他打算会见基德。在那里，他遇到了父亲过去的同伴·寺井，并得知父亲就是怪盗基德，而且死因不是事故死而是他杀。于是，快斗为查出杀害父亲的犯人，而自己成为了基德。 本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知，等等，感觉就像是融合了魔法元素的柯南。